Zuzendaritza Batzordea Elkartearen ohiko kudeaketa zuzentzeaz arduratzen da. Euskadiko hiru Lurralde Historikoak eta Nafarroa ordezkatzen ditugu.
Gure funtzioak honakoak dira: programa zientifiko eta mediko baten oinarriak prestatzea eta bilera eta jarduera zientifikoak antolatzea. Era berean, urteko memoria egin, Bilera Nagusia deitu eta bazkideen proposamen eta iradokizunei erantzuna emateaz arduratzen gara.
Gaur egun, Zuzendaritza Batzordea honakoek osatzen dute:
- Presidentea (Bizkaia): Aitor Ballaz Quincoces
- Idazkaria (Bizkaia): Itziar Arrizubieta Basterretxea
- Kidea (Gipuzkoa): Tina Rivas Guerrero
- Kidea (Araba): Koral Fernández de Roitegui Pérez
- Kidea (Nafarroa): Tamara Gutiérrez Urra